ググってもなかなか出てこないのでメモっときます。
[Eclipseのworkspace]\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core
上記のフォルダ内の「tmpXX(XXは数字)」の中に「logs」「webapps」などがいます。
ただしEclipse内でアプリをtomcatで実行すると「wtpwebapps」フォルダにアプリが配置されます(「webapps」ではない)。
「ClassNotFoundException!?ちゃんとデプロイされているの?(;´Д`)」なんてときに確認します。